Анна, добрый вечер!  Тут важна и точка, и направление. Вдоль координаты реакции мы все время идем  вверх и вблизи седловой точки — идем по кривой «выпуклой вверх», т.е. с отрицательной второй производной. Нас интересует вторая производная в седловой точке, взятая вдоль координаты реакции. По этому направлению — мы в максимуме. Здесь отрицательная вторая производная энергии по направлению. Физически это значит, что подобное колебание в АК невозможно. Комплекс сразу разорвется.  По другим направлениям в седловой точке — мы в минимуме, т.е. вторая производная — положительна.
Формула для трансмиссионного коэффициента — одна из многих. Приводится в качестве примера.

Скажите, пожалуйста, почему о частотах колебаний мы судим по ППЭ (те зависимости электронной энергии от расположения ядер)?

Анна, добрый день!  Есть формула для гармонического осциллятора. Она связывает частоту колебания с энергией, зависящей от расстояния между колеблющимися частицами. Частота пропорциональна квадратному корню из второй производной энергии от расстояния. Активированный комплекс считается состоящим  из двух фрагментов. Выделяется реакционная координата, вдоль которой должен произойти разрыв АК с образованием продуктов. Берется вторая производная энергии системы по этой координаты. ППЭ и есть зависимость энергии системы от координат атомов. Выясняется, что колебания вдоль реакционной координаты невозможны, вторая производная отрицательна, частота мнимая, немедленно произойдет разрыв. Как найти на ППЭ эту специальную реакционную координату?  Это уже другой отдельный вопрос, вопрос техники расчетов ТАК.